Avant son départ en croisade, le Comte Amédée III fait donation au prieur clunisier de Saint-Sulpice-le-Vieux (commune d'Hostiaz) d'un vaste domaine un groupe de moines de Pontigny, seconde fille de Citeaux, arrive à Thézillieu et choisi un site pourvu en eau, au centre du domaine, à l'emplacement actuel des ruines. Les moines ayant développé leur exploitation agricole, installent des familles de cultivateurs autour de l'abbaye ; ainsi se constitueront peu à peu des villages qui formeront plus tard la commune.
Rattachement du Bugey à la France (en même temps que le Valromey, la Bresse, le pays de Gex) après une guerre entre la France d'Henri IV et la Maison de Savoie.
Les abbés réclament par voie judiciaire des rappels de taxes très lourds aux habitants. Les réactions, à l'occasion de la révolution seront très violentes.
En août 1789, un groupe de plus de 500 personnes envahit l'abbaye et occupe les lieux (10 août). Conformément aux décrets de 1790, l'inventaire des biens est dressé, les derniers moines quittent le monastère en octobre et les ventes de mobilier et des bâtiments débutent en 1791. Par la suite, l'église abbatiale fut exploitée comme carrière de pierre et les derniers vestiges seront peu à peu recouverts par la végétation. (voir rubrique "patrimoine"). La commune de Thézillieu est constituée le 24 février 1790 sur une partie des terres de l'abbaye de Saint-Sulpice. Le hameau de Lavant, initialement rattaché à la commune de Longecombe rejoint Thézillieu en 1838, au moment de l'établissment du cadastre. | 
